Lysosomen, im Cytoplasma eukaryontischer Zellen vorkommende, 0,22nm große, licht- und elektronenoptisch homogene Organellen von ausgesprochen polymorpher Natur, die biochemisch oder histochemisch, aber nicht morphologisch zu charakterisieren sind. Sie sind durch eine Lipoproteinmembran gegen das Cytoplasma abgegrenzt. L. sind Orte intrazellulärer Verdauung, besonders von biologisch wichtigen Makromolekülen, wie Proteinen, Polynucleotiden, Polysacchariden, Lipiden, Glycoproteinen, Glycolipiden u.a. Katalysatoren dieser Abbauprozesse sind etwa 40 verschiedene lysosomale Hydrolasen, die alle ihre Wirkungsmaxima im sauren pH-Bereich haben. Leitenzym der L. ist die saure Phosphatase. L. werden unter anaeroben Bedingungen zerstört, wobei die lysosomalen Enzyme freigesetzt werden, die den Zellinhalt durch Autolyse zersetzen. Autolyse ist für postmortale Vorgänge kennzeichnend.

Die primären L. werden im Golgi-Apparat der Zelle gebildet. Durch ihre Verschmelzung mit phagocytierenden und pinocytierenden Vakuolen, den Phagosomen, entstehen die als Verdauungsvakuolen bezeichneten sekundären L. Substrate der L. sind demnach auch Zellpartikel wie Ribosomen oder selbst Mitochondrien, die von Phagolysosomen aufgenommen und abgebaut werden können. L. wurden 1959 von De Duve (Nobelpreis 1974) entdeckt.