Transcriptionsfaktoren, DNA-bindende Proteine, die positiv oder negativ regulierend auf die Transcription eines oder mehrerer Gene einwirken. Sie werden auch als trans-wirkende Faktoren bezeichnet, da sie auch von außen (in trans), zugegeben werden können und ihre Effekte ausüben. T. beeinflussen insbesondere die Initiationsrate der Transcription (Rate der mRNA-Herstellung). Zu diesem Zweck binden die T. einerseits mit Hilfe bestimmter Domänen (z.B. POU-Domäne, Zinkfinger-Domäne, Helix-Loop-Helix-Motiv und andere) an besondere Sequenzabschnitte in der Region eines Promotors, enhancers (Verstärkerelement) oder silencers (transcriptionsunterdrückendes Element). Andererseits nehmen sie über andere Bereiche des Proteins über Protein-Protein-Interaktionen Kontakt mit der RNA-Polymerase oder auch weiteren Proteinen auf. Hieraus resultieren schließlich Änderungen in der Aktivität der vom Promotor aus startenden RNA-Polymerase und damit eine Erhöhung oder Erniedrigung der Initiationsrate der mRNA-Synthese eines Gens. Eine Voraussetzung für die Bindung von T. an die regulatorischen Sequenzen in der Kontrollregion von Genen ist, dass die Struktur des Chromatins einen Zutritt der Faktoren zu ihren Zielsequenzen erlaubt. Es sind also nur die Gene durch T. regulierbar, die in aufgelockerten, aktiven Bereichen des Chromatins liegen.