Chromosomen-Crawling, eine Anwendung der Polymerasekettenreaktion (PCR), die die Amplifikation von DNA-Segmenten mit unbekannter Nucleotidsequenz ermöglicht, die auf beiden Seiten einer PCR-Ziel-DNA liegen. Der Name, der von T. Triglia et al. [Nucleic Acid Res. 16 (1988) 8.186] geprägt wurde, ist auf die Tatsache zurückzuführen, dass das Verfahren dazu verwendet werden kann, chromosomale Sequenzen zu erforschen, die an ein bekanntes DNA-Segment angrenzen. Dieses Verfahren wurde jedoch auch inverse PCR genannt [H. Ochman et al. Genetics120 (1988) 621-623].
Das Verfahren beginnt mit dem vollständigen Verdau der genomischen DNA mit einer Restriktionsendonuclease, die keine Spaltungsstelle innerhalb der "normalen PCR"-Ziel-DNA-Sequenz besitzt. Das Fragment, das diese Sequenz trägt, wird anschließend isoliert. Idealerweise ist dieses Teilstück höchstens bis zu 3.000 Nucleotiden lang. Seine beiden Enden werden ligiert, um eine zirkuläre DNA zu erzeugen. Diese wird direkt oder nach Linearisierung mit einer Restriktionsendonuclease linearisiert, die eine Angriffsstelle innerhalb der "normalen PCR"-Ziel-DNA-Sequenz besitzt, in 25-30 Zyklen der PCR amplifiziert. Das Hauptamplifikationsprodukt ist eine lineare doppelsträngige DNA, die aus der Kopf-zu-Schwanz-Anordnung von Sequenzen besteht, die ursprünglich auf beiden Seiten der "normalen PCR"-Ziel-DNA-Sequenz gelegen haben. Die Stelle, an der diese beiden Sequenzen verbunden sind, trägt die spezifische Erkennungssequenz der Restriktionsendonuclease, die für den Abbau der genomischen DNA verwendet wurde.