Ethidiumbromid, 3,8-Diamino-5-ethyl-6-phenylphenanthridiniumbromid, ein organischer Farbstoff, der aufgrund seiner planaren Struktur leicht in die DNA interkalieren kann (Abb.). Das interkalierte E. kann durch UV-Licht (254-366nm) angeregt werden und emitiert Licht im orange-roten Bereich (590 nm). Da durch die Bindung eine Fluoreszenzverstärkung resultiert, ist die Färbung der Nucleinsäuren auch in Gegenwart des freien E. gut sichtbar. Routinemäßig wird E. dem Agarosegel und dem Laufpuffer zugesetzt, wodurch eine anschließende Färbung nicht erforderlich ist und man darüber hinaus die Wanderung der Nucleinsäuren in einfacher Weise zeitlich verfolgen kann. Das E.-Kation ist für die Fluoreszenz verantwortlich und wandert während der Elektrophorese zur Kathode. Die Färbung mit E. in Agarose-Gelen ermöglicht den Nachweis von 10-20 ng doppelsträngiger DNA. Die Mobilität der DNA wird durch die Interkalation von E. um etwa 15% reduziert. Auch einzelsträngige DNA und RNA interagiert mit E., allerdings sind die Wechselwirkungen deutlich schwächer. E. ist wegen seiner interkalierenden Wirkung ein starkes Mutagen, so dass beim Umgang große Sorgfalt geboten ist.

Ethidiumbromid