Fenton-Reaktion, die Bildung von Hydroxylradikalen bei der Reduktion von Wasserstoffperoxid durch Eisen(II): Fe²⁺ + H₂O₂ = Fe³⁺ + ^.OH + OH-. Durch Verwendung von [Fe(EDTA)2^-] und Wasserstoffperoxid, wobei das gebildete Eisen(III)-Intermediat durch Ascorbat wieder zu Fe(II) reduziert werden kann, wirkt dieses System wie eine chemische Nuclease. Die gebildeten hochreaktiven Hydroxylradikale eignen sich vorzüglich zur Analyse der Proteinbindungsstelle auf der DNA, indem sie in DNA-Protein-Komplexen Nucleoside herausspalten, die nicht durch Protein-DNA-Interaktionen geschützt sind. Sie initiieren an solchen Positionen eine Reaktion am C-4'-Atom des betreffenden Desoxyriboserestes, die letztendlich zur Eliminierung des Nucleosids führt, während 5'- und 3'-Phosphatreste übrig bleiben. Durch diese sequenzspezifische DNA-Spaltung entsteht durch den Radikal-Footprint ein gleichmäßiges Spaltungsmuster, das Rückschlüsse auf spezifische Protein-DNA-Wechselwirkungen erlaubt. Footprinting.