Fluoreszenz-Korrelations-Spektroskopie, FCS, eine Analysenmethode, die darauf beruht, dass fluoreszenzmarkierte Moleküle Licht abstrahlen, das durch Spiegel und Linsen auf Photodioden geleitet wird und sich dadurch im Mikroskopobjektiv sammelt. Als ein Beispiel für diese Einfarben-FCS soll die Wechselwirkung einer mit einem Fluoreszenzlabel markierten RNA-Sonde, die sich allein mit einer definierten Diffusionsgeschwindigkeit durch den Messstrahl bewegt, mit einem DNA-Molekül angeführt werden. Die durch die Interaktion zwischen beiden Molekülen verringerte Diffusionsgeschwindigkeit kann gemessen werden, erfordert aber relativ lange Messzeiten bis zu einer Minute. Bei der Zweifarben-FCS werden die Moleküle entweder mit zwei verschiedenen Fluorophoren markiert, oder man fokussiert bei einem zweifach markierten Molekül die beiden auf die Probe fallenden Laserstrahlen exakt auf das gleiche Detektionsvolumen. Die zweifach markierten Moleküle werden durch Vergleichsmessung identifiziert. Für die Auswertung der Korrelationskurven ist die Bestimmung der Difussionsgeschwindigkeiten nicht mehr notwendig, vielmehr leitet sich die Konzentration aus der Amplitudenhöhe ab. Dadurch werden die Messzeiten drastisch reduziert und Messungen mit Fluoreszenzhintergrundstrahlung (Rauschen), die für biologisches Material durchaus typisch ist, können trotzdem vorgenommen werden. Mit F. sind Echtzeit-Messungen von Enzymkinetiken, Nucleinsäure-Hybridisierungskinetiken und Untersuchungen zur Proteinaggregation ebenso möglich geworden wie die Durchführung eines Hochleistungs-Screening mit einem angestrebten Durchsatz von 100.000 Proben pro Tag mit sehr geringen Substratkonzentrationen.