molecular modelling, engl. Sammelbezeichnung für die computergestützte Berechnung, Darstellung und Bearbeitung von realistischen Molekülstrukturen und ihren physikalisch-chemischen Eigenschaften. Die interaktive Bearbeitung der räumlichen Struktur größerer Moleküle erfordert eine leistungsfähige Computergraphik. Außerdem sind effektive Näherungsverfahren für die schnelle Berechnung der Struktur, Wechselwirkung und Dynamik von derartigen Systemen eine wesentliche Voraussetzung.

Für die effektive Durchmusterung des Konfigurationsraumes unter Einbeziehung der Temperatur werden vor allem molekularstatistische Computersimulationen genutzt.

Wichtige 3D-Strukturdaten für das m.-m. liefern die Cambridge-Datenbank (http://www.chem.tamu.edu/services/crystal) und die Brookhaven-Proteindatenbank (PDB; Datenbanken, Tab.). Erstere enthält über 140.000 Kristallstrukturen von Molekülen. In der letzteren sind mehr als 4.000 Protein- und DNA-Strukturen angegeben. M. m. gewinnt zunehmend an Bedeutung für das Design von Molekülen mit gewünschten Eigenschaftsmustern in Chemie, Biochemie und Pharmazie sowie in den Materialwissenschaften.