Schlüsselenzyme, an Schlüsselpositionen des Stoffwechsels wirkende Enzyme, die eine exponierte Funktion im Metabolismus einnehmen. Sie können, müssen aber nicht, gleichzeitig Schrittmacherenzyme sein. In vielen Fällen erfolgt eine Kontrolle auf der Transcriptions- oder Translationsebene. Beispiele für S. sind Isocitrat-Dehydrogenase, Ribulose-1,5-diphosphat-Carboxylase, L-Phenylalanin-Ammoniak-Lyase.