Umweltbiotechnologie, der Einsatz biotechnologischer Verfahren zur Reinigung bzw. Reinhaltung der Umwelt (Wasser, Luft, Boden) von Schadstoffen und toxischen Abfallstoffen. Allgemeine Maßnahmen zur Verhinderung und zur Beseitigung von Umweltverunreinigungen sind: 1) mechanische Abtrennung von Schadstoffen, 2) chemische oder biologische Umwandlung/Abbau von Schadstoffen, 3) Verfahren der biologischen Schädlingsbekämpfung, um den Aufwand chemischer Noxen (z.B. Insektizide) zu verringern.

Die Ökonomie und Effektivität der Verfahren der U. wird in einzelnen Bereichen entscheidend durch den Einsatz geeigneter – apathogener – schadstoffabbauender Mikroorganismen mit definierten Eigenschaften bestimmt. Besondere Bedeutung haben Mikroorganismen für die Prozesse der Abwasserreinigung, der Abluftreinigung, der Aufbereitung fester Abfallstoffe (Kompostierung), der Beseitigung von Altlasten (z.B. Dekontamination Kohlenwasserstoff-belasteter Böden) und der Kohle- und Erdölentschwefelung. Mikroorganismen können andererseits selbst "Schadstoffe" sein, wie die mikrobielle Zerstörung von Materialien und Werkstoffen (Biokorrosion) zeigt.