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Lexikon der Biologie: primer-extension-Analyse

primer-extension-Analysew, eine Methode zur genauen Bestimmung des 5'-Endes einer RNA (Ribonucleinsäuren). Man verwendet hierbei für die zu untersuchende RNA spezifische, komplementäre Oligonucleotide, die an ihre Zielsequenz hybridisiert werden (Hybridisierung). Diese Oligos können als Startstellen (primer) für die reverse Transkriptase fungieren, die unter Nutzung der RNA als template (Matrize) in Gegenwart von Desoxyribonucleotiden (2'-Desoxyribonucleosidmonophosphate) einen zu ihr komplementären cDNA-Einzelstrang (cDNA) synthetisiert ( vgl. Abb. ). Die Synthese dieses Strangs bricht dann genau am 5'-Ende der RNA ab und besitzt daher eine Länge, die dem Abstand zwischen primer und dem Beginn der RNA entspricht. Ist der primer (radioaktiv) markiert (Markierung), kann spezifisch neu synthetisierte DNA auf einem denaturierenden (Denaturierung) Gel analysiert werden, wobei geeignete Längenstandards oder besser ein Sequenzierungsansatz der DNA als Marker zur basengenauen Bestimmung des 5'-Endes der untersuchten RNA herangezogen werden. S1-Kartierung.



primer-extension-Analyse

Prinzip der primer-extension-Analyse: a Hybridisierung des spezifischen, markierten primers an die zu untersuchende DNA. b primer-Verlängerung (cDNA-Synthese) durch reverse Transkription. c Genaue Analyse der Syntheseprodukte in einem denaturierenden Gel.

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