Das größte, zusammenhängende Biotopsystem entlang des ehemaligen Grenzstreifens ist nur noch zu 85 Prozent erhalten, und es besteht die Gefahr, dass das Grüne Band sukzessive in isolierte Einzelflächen zerbricht. Wie Hartmut Vogtmann vom Bundesamt für Naturschutz in Bonn mitteilte, sind bis heute nur knapp ein Drittel der Fläche unter Schutz gestellt. 15 Prozent des 1400 Kilometer langen Biotopsystems sind bereits durch intensive Landwirtschaft und Infrastrukturmaßnahmen zerstört.

In einer Bestandsaufnahme kartierte der Bund Naturschutz Bayern die Achse flächendeckend, ermittelte Biotoptypen und legte den Schutzstatus für hochwertige Bereiche fest. Dabei wurde eine Vielzahl gefährdeter Tier- und Pflanzenarten der Roten Liste festgestellt, die zum Teil auch in den ausgeräumten Bördelandschaften leben, weil an diesen Stellen keine Rückzugsgebiete mehr existieren.