Asiatische Elefanten (Elephas maximus) besiedelten einst mit mehreren Unterarten ein riesiges Gebiet, das vielleicht von den Tälern von Euphrat und Tigris bis zu den Inseln Indonesiens gereicht hat. Dort klafft dann allerdings eine ziemliche Lücke zwischen den Elefanten auf der malaiischen Halbinsel und Sumatra sowie Java auf der einen Seite und den Rüsseltieren Borneos auf der anderen. Denn Letztere beschränken sich nur auf einen kleinen Teil der riesigen Insel: Sabah und angrenzende Regionen Kalimantans. Seit längerer Zeit wird daher darüber gerätselt, ob die Tiere hier wirklich schon lange natürlich heimisch waren – oder auf den Sultan von Sulu zurückgehen. Dieser habe Exemplare von befreundeten Herrschern geschenkt bekommen, später seien sie dann entkommen oder wurden frei gelassen. Es gibt sogar Mutmaßungen, wonach die Borneo-Zwergelefanten – die deutlich kleiner als ihre Verwandten auf dem Festland sind – die letzten Überlebenden der javanischen Elefantenunterart sein könnten, die im 18. Jahrhundert ausstarb.

DNA-Analysen legen jedenfalls nahe, dass die Dickhäuter von Borneo seit rund 300 000 Jahren keinen Kontakt mehr mit festländischen Artgenossen haben. Sie könnten also damals während einer Eiszeit über den trockengefallenen Sunda-Schelf eingewandert sein. Als die Gletscher schmolzen, wurden sie isoliert und entwickelten sich eigenständig weiter. Es existieren jedoch keine derart alten fossilen Überreste der Tiere auf Borneo, während sie von anderen charakteristischen Arten wie etwa Orang-Utans immer wieder auftauchten. Reeta Sharma vom Instituto Gulbenkian de Ciência und Kollegen kombinierten daher DNA-Daten in Computermodellen, um die Entwicklungsgeschichte der Tiere zu rekonstruieren – so exakt wie bislang noch niemand vor ihnen. Laut diesen Berechnungen gelangten die Zwergelefanten vor 11 400 bis 18 300 Jahren nach Borneo, also ebenfalls während einer Eiszeit. Allerdings wanderten sie nicht vom Festland, sondern von anderen Inseln des Sunda-Archipels zu, das heißt sehr wahrscheinlich aus Java und/oder Sumatra.

Als das Wasser anschließend erneut stieg und sie von ihren Ausgangspopulationen abgeschnitten wurden, mussten sie einen genetischen Flaschenhals durchqueren: Ihre Zahl war zumindest zeitweise sehr klein, weshalb ihr Erbgut verarmte – ein Effekt, von dem sich der Bestand anschließend langsam wieder erholte. Heute ist die sehr charakteristische Unterart mit maximal 2000 Individuen durch Abholzung und Zerteilung ihres Lebensraums bedroht. Warum sie nur einen kleinen Teil Borneos besiedelt, kann damit aber nicht erklärt werden. Die geologisch junge Insel Borneo weist überwiegend sehr arme Böden auf. Entsprechend energiearm ist die Kost, und das schränkt den Lebensraum der Elefanten ein, so eine Theorie: Sie finden andernorts vielleicht einfach zu wenig geeignete Nahrung.