Hibernation bedeutet im Falle von New Horizons, dass alle zum Betrieb der Sonde nicht zwingend notwendigen Geräte, darunter auch der größte Teil der wissenschaftlichen Instrumente, stillgelegt wird. Da in diesen Missionsphasen nur im Abstand von Monaten Kontakt mit der Raumsonde aufgenommen wird, um den Zustand der Bordsysteme abzufragen, ist auch keine vollstänige Bedienungsmannschaft am Boden nötig, was erhebliche Kosten spart. Während dieser Abfragen werden dann auch die Messdaten übertragen.

Während der bisherigen Hibernationsphasen von New Horizons war bislang nur ein Instrument zur Untersuchung von Staubpartikeln, der "Student Dust Counter" (SDC) aktiv. Er benötigt nur wenig Strom und arbeitet vollautomatisch. SDC dient dazu, die Größe, Masse und Anzahl von Staubpartikeln im äußeren Sonnensystem zu untersuchen. Nun sollen auch ein Gerät zur Untersuchung des Sonnenwinds und ein Instrument zur Analyse energiereicher geladener Partikel in den Hibernationsphasen Daten sammeln. Das Gerät SWAP, "Solar Wind Around Pluto", untersucht geladene Partikel des von der Sonne ausgehenden Sonnenwinds und ermittelt dabei ihre Energien und Bewegungsrichtungen. PEPSSI, "Pluto Energetic Particle Spectrometer Science Investigation", kümmert sich vor allem um Ionen aus dem interstellaren Medium, die vom Sonnenwind aufgelesen werden. Auch schwere Ionen mit Massen größer als Helium werden von PEPSSI untersucht.

Seit mehr als 30 Jahren hat keine Raumsonde den Sonnenwind und das interplanetare Medium jenseits der Umlaufbahn von Saturn untersucht, alle vorangegangenen Sonden befinden sich nun weit jenseits der Bahn von Neptun (Voyager 1 und 2) und senden zum Teil auch keine Daten mehr (Pioneer 10 und 11). Zudem sind die Geräte an Bord von New Horizons viel moderner und leistungsstärker und können somit mehr Einzelheiten ermitteln. Interessant sind hier vor allem das Verhalten des Sonnenwinds im Zusammenhang mit Flares auf der Sonne und koronalen Materieauswürfen, die sich nach außen hin ausbreiten. Mit den Sonnenforschungssatelliten im inneren Sonnensystem lassen sich nun diese Ereignisse über eine weite Ausdehnung hinweg verfolgen. Zudem ist auch die steigende Aktivität der Sonne im Zusammenhang mit dem solaren Fleckenzyklus von Interesse.

Diese Messphase wird bis Mitte 2014 andauern, dann wird New Horizons auf den Vorbeiflug an Pluto vorbereitet. Die ersten systematischen Beobachtungen des Zwergplaneten und seines Gefolges beginnen im Januar 2015, gefolgt vom Vorbeiflug am 14. Juli 2015. Schon im Frühjahr 2015 werden die Bilder von New Horizons die besten Aufnahmen erdgebundener Teleskope und des Weltraumteleskops Hubble deutlich an Schärfe und Detailreichtum übertreffen.