Würde es dagegen zu einem Einschlag kommen – derzeit wird der Durchmesser des Kometenkerns auf etwa fünf Kilometer geschätzt –, so wären die Folgen für die derzeit auf der Marsoberfläche oder im Umlauf um den Planeten befindlichen Sonden wohl katastrophal. Die Druckwelle des Einschlags hätte es je nach Entfernung zu den Marsrovern Curiosity und Opportunity möglicherweise vermocht, die Gefährte umwerfen. Es könnte sogar ausgeworfenes Gesteinsmaterial auf ihnen niedergehen. Den Marsorbitern drohte durch beim Einschlag ausgeworfenem Material, das so stark beschleunigt wurde, dass es das Schwerefeld des Planeten verlassen kann, ebenfalls Gefahr. Der dichte Vorbeiflug des Kometen dürfte für die derzeit den Roten Planeten umkreisenden Sonden aber eher folgenlos sein. Die Wahrscheinlichkeit, dass eine der Sonden durch vom Kometen freigesetzte Partikel beschädigt wird, ist eher klein.

Kometen setzen jedoch nicht unerhebliche Mengen an Methan frei, wenn sie sich bei der Annäherung an die Sonne erwärmen. Bei dem Vorbeiflug am 19. Oktober wird der Mars von der Gashülle des Kometenkerns, der Koma, und dem Schweif eingehüllt werden. So wird das kometare Methan vermutlich in solchen Mengen in die Marsatmosphäre eingetragen werden, dass es die geringen ursprünglichen Gehalte in der Marsatmosphäre möglicherweise völlig überlagert – wodurch diese unmessbar werden. Zwar erreichen beide Sonden den Roten Planeten rund einen Monat vor dem Kometen-Vorbeiflug, aber nach dem Einschwenken in die Umlaufbahnen werden mehrere Wochen benötigt, um die Messinstrumente zu aktivieren und zu kalibrieren. Zumindest bei der ISRO sind Überlegungen im Gange, den Start ihrer Sonde auf das nächste Startfenster im Januar bis April 2016 zu verschieben, um genauere Methanwerte beim Mars ermitteln zu können. Von der NASA sind derzeit keine solchen Überlegungen öffentlich bekannt.

C/2013 A1 Siding Spring kommt zwar extrem dicht an den Mars heran, hält aber von der Erde einen respektvollen Abstand. Zur Zeit des Marsvorbeiflugs im Oktober 2014 ist der Schweifstern rund 1,6 Astronomische Einheiten (240 Millionen Kilometer) von uns entfernt, und der Rote Planet hält sich dann im Sternbild Schlangenträger auf. Leider erreicht er zu dieser Zeit in unseren Breiten nach Sonnenuntergang nur eine geringe Höhe von etwa zehn Grad über dem Horizont und leuchtet nur etwa 2 mag hell. Somit lassen sich Mars und Komet während des Vorbeiflugs nur schlecht beobachten. Zum Zeitpunkt der dichtesten Annäherung des Kometen steht Mars bereits unter dem Horizont. Der Schweifstern soll maximal eine Helligkeit von rund 8 mag erreichen und kann daher nur mit einem Fernglas oder Teleskop erspäht werden. Er lässt sich vor allem von der Südhalbkugel aus gut beobachten.