Der Mensch besitzt womöglich doch mehr als die 30 000 bis 40 000 Gene, welche die Forscher des Humangenomprojektes und von Celera Genomics nach Abschluss ihrer Untersuchungen verkündet hatten. Die niedrige Zahl hatte einige Proteste ausgelöst. So berichtet William Haseltine von der Biotech-Firma Human Genome Sciences, er habe über 90 000 Gene gefunden, indem er nicht die DNA selbst, sondern die davon angefertigten Abschriften der RNA in den Zellen analysiert habe. Das Problem liegt unter anderem in der Software, welche die Daten untersucht: Sie kann nur Gene entdecken, die bereits bekannten Gensequenzen ähneln. Damit bleiben viele Gene unerkannt, gleichzeitig jedoch werden manche Sequenzen fälschlicherweise als Gene identifiziert. So spricht eine noch nicht veröffentlichte Studie von Wissenschaftlern an der Ohio State University in Columbus davon, dass die Programme des Humangenomprojektes fast 850 000 Gensegmente übersehen hat, und somit etwa 80 000 Gene in unserem Genom vorhanden sind. Eric Lander vom Whitehead Institute, Mitglied des Humangenomprojektes, schlägt daher einen Vergleich vor: "Lasst uns drei Prozent des Genoms zufällig auswählen, dann soll jeder die Gene bekanntgeben, von denen er annimmt, dass sie in diesen Regionen liegen, und dann lasst uns das testen."