Der Schuldige wurde offiziell Nipah-Virus getauft, nach der kleinen Stadt, in welcher der Stamm zuerst entdeckt wurde. Es schlug zum ersten Mal Ende September 1998 zu. Die Opfer litten an hohem Fieber und Enzephalitis (Hirnhautentzündung). Aufgrund dieser Symptome kamen die Behörden zunächst zu dem Schluß, daß sie es mit Japanischer Enzephalitis (JE) zu tun hätten, an der weltweit jährlich 10 000 Menschen sterben. Eine Impfkampagne und massive Bekämpfung von Culex-Mücken, die JE übertragen, konnte den Ausbruch jedoch nicht stoppen. Zusätzlich wurden die Wissenschaftler durch einige Besonderheiten verwirrt. So tötete die Krankheit im Gegensatz zu JE Schweine, und es schienen nur Menschen betroffen zu sein, die engen Kontakt mit den Tieren hatten, während ihre Familienangehörigen gesund blieben. Auch erkrankten viele erwachsene Menschen, während JE hauptsächlich Kinder tötet. Dies alles paßte nicht in das Muster der durch Mücken übertragenen Krankheit.

Das Rätsel wurde gelöst, nachdem der Mikrobiologe Lam Kai Sit von der University of Malaya und sein Kollege Chua Kaw Bing nach anderen möglichen Auslösern zu fahnden begannen. Am 5. März isolierten die beiden Wissenschaftler ein neues Virus aus Blut- und Gehirnflüssigkeitsproben, die in Tests am Centers for Disease Control and Prevention (CDC) in Atlanta mit Antikörpern des Hendra-Virus reagierten. Eine Sequenzierung des viralen Genoms zeigte, daß sich Nipah- und Hendra-Viren zu ungefähr 80% ähneln.

Die Forscher vermuten, daß das Virus in Lungen und Urin von Schweinen vorkommt und daß sich Menschen über die Atemwege infizieren können. Bisher sind keine Fälle von Mensch-zu-Mensch-Übertragungen bekannt. Auch ist unklar, wie das Virus überhaupt in die Schweine gelangte. Da das Hendra-Virus in vier Spezies von australischen Flughunden entdeckt wurde, untersuchen nun australische und CDC-Forscher, ob das neue Nipah-Virus ebenfalls in diesen Tieren vorkommt.