Erstmalig wurde ein detaillierter Stammbaum der Fledermäuse und Flughunde anhand von genetischen Sequenzanalysen erstellt, dessen Wurzeln wohl im Eozän vor etwa 50 Millionen Jahren im damaligen Kontinent Laurasia zu suchen sind.
Epauletten-Flughund | Der Epauletten-Flughund (Epomorphorus minimus) aus Äthiopien kann sich wie seine Verwandten aus der Gruppe der Flughunde nicht mit Echolot orientieren. Damit bilden sie die einzige Hauptlinie der Fledertiere, die diese Fähigkeit nicht besitzen. Im Gegensatz zu den Fledermäusen haben sie das Echolot nie erworben oder in späteren Phasen der Evolution wieder verloren. Dennoch sind sie nahe verwandt mit den Fledermäusen: Ihre Stammbäume sind eng miteinander verschachtelt.
Die Verästelung des Stammbaums geht zudem einher mit einem Temperaturanstieg während des Tertiärs, durch den auch die Artenzahl und die Bestände von Pflanzen und Insekten stark anstiegen. Dabei entwickelten sich nach Erkenntnissen der Wissenschaftler um Emma Teeling von der Universität Dublin auch die vier Hauptlinien der echten Fledermäuse, die sich mit Echolot orientieren, und die eine Hauptlinie der Flughunde, die ohne Echolot zurechtkommt. Der Flughund-Ast steht dabei aber nicht separat, sondern ist verschachtelt mit den Zweigen der Fledermäuse und impliziert damit eine relativ enge Verwandtschaft.
Damit bestätigen die Forscher die bisherige Vermutung, dass das echte Fliegen nur einmalig von Säugetieren erworben wurde. Dagegen scheint nach der molekularen Phylogenese das Echolot entweder mehrfach unabhängig unter den Fledermäusen entstanden zu sein oder aber die Flughunde verloren diese Fähigkeit im weiteren Verlauf ihrer Evolutionsgeschichte wieder.
Kleine Mausschwanz-Fledermaus | Fledermäuse wie diese Kleine Mausschwanz-Fledermaus (Rhinopoma hardwickii) aus Indien orientieren sich mit Echolot, und unter anderem diese Errungenschaft ermöglichte ihnen eine starke Artbildungsrate während des Eozäns, da sie damit als nächtliche Jäger fast konkurrenzlos waren. Die evolutionären Ursprünge der Fledermäuse liegen in Laurasia. Sie zählen heute zu den erfolgreichsten Säugetiergruppen und stellen fast zwanzig Prozent aller Säugerarten.
Weiterhin zeigt sich, dass drei der vier wichtigsten Fledermauslinien in Laurasia entstanden und nur eine in Gondwana. Durch die so genannte adaptive Radiation kam es im Eozän innerhalb eines relativ kurzen Zeitraums von zwei Millionen Jahren zu einer mannigfaltigen Artenbildung in den einzelnen Gruppen. Grundlage waren die Diversifizierung der Insekten, Unterschiede in der Echolotorientierung und in den Flugstrategien.
Die Untersuchungen wurden durch den Mangel an Fledertier-Fossilien erschwert, in manchen Gruppen fehlen bis zu achtzig Prozent aller möglichen Versteinerungen. Dadurch ergeben sich Lücken im Verwandtschaftsbaum, sodass entsprechende Übergangsformen bislang nicht nachgewiesen werden konnten.
Fledermäuse und Flughunde bilden heute eine der erfolgreichsten Säugetiergruppen: Sie stellen zwanzig Prozent aller bekannten Arten und leben in fast allen terrestrischen Ökosysteme. Die Flattertiere spielen eine bedeutende Rolle bei der Blütenbestäubung und als Insektenjäger, wobei die Fledermäuse als Luftjäger nachts fast konkurrenzlos sind.
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