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Lexikon der Biochemie: Datenbanken

Datenbanken, Komponenten von Computersystemen zum Speichern, Abrufen, Analysieren und Modellieren biologischer Daten. D. werden verwendet, wenn umfangreiche Datenbestände gesammelt, gespeichert und verbreitet werden müssen, wie z.B. Protein- und Nucleinsäuresequenzen, Genomkarten, Klonierungsvektoren, Restriktionsendonucleasen, Kohlenhydratsequenzen, experimentelle dreidimensionale Atomkoordinaten, Sammlungen von Zelllinien, Hybridomen und Bakterienstämmen, EC-Nummern und Reaktionen von Enzymen, Escherichia-coli-Referenzen, Sequenzen und genetische Kartenpositionen, usw. Außerdem gibt es eine D. über molekularbiologische D. Das Tätigkeitsgebiet, das sich mit der Sammlung biologischer Daten, deren Speicherung durch elektronische Mittel und deren Verbreitung befasst, wird Bioinformatik genannt.
D. werden durch nationale und internationale Forschungszentren, durch chemische Gesellschaften und durch einzelne Forscher erstellt. Der Wert von D. von Protein- und Nucleinsäuresequenzen ist für die Molekularbiologen und Biochemiker als Basis für die Suche nach Sequenzähnlichkeit unschätzbar. Auf diese Weise kann jede beliebige Nucleotid- oder Proteinsequenz schnell mit all jenen bekannten Sequenzen verglichen werden, die in der D. gespeichert sind. Die Suchverfahren nach Ähnlichkeit können auch zur Identifizierung von Promotoren, Signalsequenzen usw. und zum Aufdecken von Sequenzmustern in Proteinfamilien eingesetzt werden. Durch den Einsatz von Computern mit paralleler Architektur (Parallelrechner, d.h. Rechner mit parallel arbeitenden Prozessoren) und Programmen, wie beispielsweise PROSRCH, BLAZE bzw. MPSRCH kann eine Sequenz von 500 Aminosäuren in wenigen Minuten mit allen gegenwärtig bekannten Proteinsequenzen verglichen werden.
In der Tabelle sind einige Internetadressen aufgeführt, mit deren Hilfe der Zugang zu DNA- und Proteinsequenzen, Proteinstrukturen, Substanzstrukturen und Nomenklaturen möglich ist. [R.A. Harper "EMBnet: an institute without walls" Trends Biochem. Sci. 21 (1996) 150-152; G. Goos, J. Harmanis & J. van Leeuwen (Hrsg.) Advances in Database Technology – EDPT '96. Proceedings of the 5th International Conference on Extending Database Technology (Lecture Notes in Computer Science 1057), Springer Verlag, Berlin, Heidelberg, New York, 1996]

Tab. Datenbanken.

Name der Datenbank Institut
Ort, Land
eMail-Adresse
Internet-Adresse Charakteristik
BIOCHEMICAL PATHWAYS Boehringer Mannheim, Deutschland http://biochem.boehringer-mannheim.com Biochemie-Atlas
BioMedNet2 http://biomednet.com/ Biochemie
Biomedizin
BRENDA http://srs.ebi.ac.uk Enzyme
BRITE Institute for Chemical Research, Kyoto University, Japan
www@genome.ad.jp
http://www.genome.ad.jp/brite/brite.html Genregulation
cactus National Cancer Institute (NCI), USA http://cactus.cit.nih.gov/ncidb/
http://www2.ccc.uni-erlangen.de/ncidb/
Strukturdatenbank
DDBJ DNA-Datenbank von Japan: National Institute of Genetics, Center of Information Biology, Japan
www-admin@ddbj.nig.ac.jp
http://ddbj.nig.ac.jp DNA-Sequenz-
Datenbank
desease National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Bethesda, USA
info@ncbi.nlm.nih.gov
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/desease/ genetisch bedingte Krankheiten
EC Enzyme National Biomedical Research Foundation, Washington, DC 200007, USA
danj@gdb.org
http://www.bis.med.jhmi.edu/Dan/proteins/
ec-enzyme.html
EC-Nummern
ENTREZ National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Johns Hopkins University, US
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ Proteindatenbank,
3D-Strukturen,
Genome
ExPASY-ENZYME Universität Genf, Schweiz http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html Enzyme,
EC-Nummern,
Links zu Biochemical Pathways
GDB The Genome Database
The Johns Hopkins University, School of Medicine
data@gdb.org
http://gdbwww.gdb.org/ Genomdatenbank
GenBank National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Bethesda, USA
info@ncbi.nlm.nih.gov
http://ncbi.nlm.nih.gov/web/genbank DNA-Sequenzen
GenBank Datenbibliothek des European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Groß-Britannien
office@ebi.ac.uk
http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/genbank_db DNA-Sequenzen
Genbank STN International
FIZ Karlsruhe, Deutschland
http://www.fiz-karlsruhe.de/online_db.html DNA-Sequenzen
HGP The National Human Genome Research Institute, USA http://www.nhgri.nih.gov/HGP/ Humangenomprojekt
IUPAC/IUBMB Nomenclature Recommendations Institute for Chemical Research, Human Genome Center, Kyoto University
www@genome.ad.jp
http://www.genome.ad.jp/kegg/catalog/
nomenclature.html
Nomenklaturempfehlungen
KEGG Institute for Chemical Research, Human Genome Center, Kyoto University
www@genome.ad.jp
http://www.genome.ad.jp/kegg/ DNA-Sequenzen,
Genomdatenbank,
Enzyme,
EC-Nummern
LIGAND Institute for Chemical Research, Human Genome Center, Kyoto University
www@genome.ad.jp
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html Liganden für Enzymreaktionen
OMIM National Center for Biotechnology Information (NCBI)
Johns Hopkins University, USA
http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/ Humangenmutationen
PDB Proteindatenbank Brookhaven, USA httpL//www.pdb.bnl.gov dreidimensionale Proteinstrukturen
PIR Protein Identification Resources: National Biomedical Research Foundation, Washington, DC, USA
danj@gdb.org
http://www.bis.med.jhmi.edu/Dan/proteins/pir-last.html Proteinsequenzen
SWISS-PROT European Bioinformatics Institute (EBI) http://www.ebi.ac.uk/ebidocs/swissprotdb/
swisshome.html
Proteinsequenzen
SWISS-PROT Universität Genf, Schweiz http://expasy.hcuge.ch/sprot/sprot-top.html Proteinsequenzen
TBASE The Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine, USA
tbase@jax.org
http://www.jax.org/tbase Datenbank gezielter, transgener Mutation
TRANSFAC GBF Braunschweig, Deutschland http://transfac.gbf.de/ Genregulation

Stand: Febr. 1999.
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