Lexikon der Biochemie: Datenbanken
Datenbanken, Komponenten von Computersystemen zum Speichern, Abrufen, Analysieren und Modellieren biologischer Daten. D. werden verwendet, wenn umfangreiche Datenbestände gesammelt, gespeichert und verbreitet werden müssen, wie z.B. Protein- und Nucleinsäuresequenzen, Genomkarten, Klonierungsvektoren, Restriktionsendonucleasen, Kohlenhydratsequenzen, experimentelle dreidimensionale Atomkoordinaten, Sammlungen von Zelllinien, Hybridomen und Bakterienstämmen, EC-Nummern und Reaktionen von Enzymen, Escherichia-coli-Referenzen, Sequenzen und genetische Kartenpositionen, usw. Außerdem gibt es eine D. über molekularbiologische D. Das Tätigkeitsgebiet, das sich mit der Sammlung biologischer Daten, deren Speicherung durch elektronische Mittel und deren Verbreitung befasst, wird Bioinformatik genannt.
D. werden durch nationale und internationale Forschungszentren, durch chemische Gesellschaften und durch einzelne Forscher erstellt. Der Wert von D. von Protein- und Nucleinsäuresequenzen ist für die Molekularbiologen und Biochemiker als Basis für die Suche nach Sequenzähnlichkeit unschätzbar. Auf diese Weise kann jede beliebige Nucleotid- oder Proteinsequenz schnell mit all jenen bekannten Sequenzen verglichen werden, die in der D. gespeichert sind. Die Suchverfahren nach Ähnlichkeit können auch zur Identifizierung von Promotoren, Signalsequenzen usw. und zum Aufdecken von Sequenzmustern in Proteinfamilien eingesetzt werden. Durch den Einsatz von Computern mit paralleler Architektur (Parallelrechner, d.h. Rechner mit parallel arbeitenden Prozessoren) und Programmen, wie beispielsweise PROSRCH, BLAZE bzw. MPSRCH kann eine Sequenz von 500 Aminosäuren in wenigen Minuten mit allen gegenwärtig bekannten Proteinsequenzen verglichen werden.
In der Tabelle sind einige Internetadressen aufgeführt, mit deren Hilfe der Zugang zu DNA- und Proteinsequenzen, Proteinstrukturen, Substanzstrukturen und Nomenklaturen möglich ist. [R.A. Harper "EMBnet: an institute without walls" Trends Biochem. Sci. 21 (1996) 150-152; G. Goos, J. Harmanis & J. van Leeuwen (Hrsg.) Advances in Database Technology – EDPT '96. Proceedings of the 5th International Conference on Extending Database Technology (Lecture Notes in Computer Science 1057), Springer Verlag, Berlin, Heidelberg, New York, 1996]
Tab. Datenbanken.
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BIOCHEMICAL PATHWAYS | Boehringer Mannheim, Deutschland | http://biochem.boehringer-mannheim.com | Biochemie-Atlas | |
BioMedNet2 | http://biomednet.com/ | Biochemie Biomedizin | ||
BRENDA | http://srs.ebi.ac.uk | Enzyme | ||
BRITE | Institute for Chemical Research, Kyoto University, Japan www@genome.ad.jp | http://www.genome.ad.jp/brite/brite.html | Genregulation | |
cactus | National Cancer Institute (NCI), USA | http://cactus.cit.nih.gov/ncidb/ http://www2.ccc.uni-erlangen.de/ncidb/ | Strukturdatenbank | |
DDBJ | DNA-Datenbank von Japan: National Institute of Genetics, Center of Information Biology, Japan www-admin@ddbj.nig.ac.jp | http://ddbj.nig.ac.jp | DNA-Sequenz- Datenbank | |
desease | National Center for Biotechnology Information (NCBI) Bethesda, USA info@ncbi.nlm.nih.gov | http://www.ncbi.nlm.nih.gov/desease/ | genetisch bedingte Krankheiten | |
EC Enzyme | National Biomedical Research Foundation, Washington, DC 200007, USA danj@gdb.org | http://www.bis.med.jhmi.edu/Dan/proteins/ ec-enzyme.html | EC-Nummern | |
ENTREZ | National Center for Biotechnology Information (NCBI) Johns Hopkins University, US | http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ | Proteindatenbank, 3D-Strukturen, Genome | |
ExPASY-ENZYME | Universität Genf, Schweiz | http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html | Enzyme, EC-Nummern, Links zu Biochemical Pathways | |
GDB | The Genome Database The Johns Hopkins University, School of Medicine data@gdb.org | http://gdbwww.gdb.org/ | Genomdatenbank | |
GenBank | National Center for Biotechnology Information (NCBI) Bethesda, USA info@ncbi.nlm.nih.gov | http://ncbi.nlm.nih.gov/web/genbank | DNA-Sequenzen | |
GenBank | Datenbibliothek des European Molecular Biology Laboratory (EMBL), Groß-Britannien office@ebi.ac.uk | http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/genbank_db | DNA-Sequenzen | |
Genbank | STN International FIZ Karlsruhe, Deutschland | http://www.fiz-karlsruhe.de/online_db.html | DNA-Sequenzen | |
HGP | The National Human Genome Research Institute, USA | http://www.nhgri.nih.gov/HGP/ | Humangenomprojekt | |
IUPAC/IUBMB Nomenclature Recommendations | Institute for Chemical Research, Human Genome Center, Kyoto University www@genome.ad.jp | http://www.genome.ad.jp/kegg/catalog/ nomenclature.html | Nomenklaturempfehlungen | |
KEGG | Institute for Chemical Research, Human Genome Center, Kyoto University www@genome.ad.jp | http://www.genome.ad.jp/kegg/ | DNA-Sequenzen, Genomdatenbank, Enzyme, EC-Nummern | |
LIGAND | Institute for Chemical Research, Human Genome Center, Kyoto University www@genome.ad.jp | http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html | Liganden für Enzymreaktionen | |
OMIM | National Center for Biotechnology Information (NCBI) Johns Hopkins University, USA | http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/ | Humangenmutationen | |
PDB | Proteindatenbank Brookhaven, USA | httpL//www.pdb.bnl.gov | dreidimensionale Proteinstrukturen | |
PIR | Protein Identification Resources: National Biomedical Research Foundation, Washington, DC, USA danj@gdb.org | http://www.bis.med.jhmi.edu/Dan/proteins/pir-last.html | Proteinsequenzen | |
SWISS-PROT | European Bioinformatics Institute (EBI) | http://www.ebi.ac.uk/ebidocs/swissprotdb/ swisshome.html | Proteinsequenzen | |
SWISS-PROT | Universität Genf, Schweiz | http://expasy.hcuge.ch/sprot/sprot-top.html | Proteinsequenzen | |
TBASE | The Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine, USA tbase@jax.org | http://www.jax.org/tbase | Datenbank gezielter, transgener Mutation | |
TRANSFAC | GBF Braunschweig, Deutschland | http://transfac.gbf.de/ | Genregulation |
Stand: Febr. 1999.
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