Mycotoxine, Stoffwechselprodukte bestimmter niederer Pilze und Mikroorganismen, die gegen andere Organismen, besonders Vertebraten (auch Mensch), stark giftig wirken. Dabei können gleiche chemische Substanzen von verschiedenen Pilzarten gebildet werden. Von den etwa 100.000 beschriebenen Pilzen bilden ungefähr 50 M., die den Wirtsorganismus entweder direkt schädigen, z.B. pflanzenpathogene Pilze, oder indirekt über die Nahrung bei Tier und Mensch Krankheiten hervorrufen. Häufig entwickeln sich Mycotoxinproduzenten auf unsachgemäß gelagerten Nahrungsmitteln und führen zu Lebensmittelvergiftungen. Derartige M. sind z.B. Botulinustoxine (Gifte), Aflatoxine und Ochratoxine. Weitere M. sind unter anderem das Nierengift Citrinin aus Penicillium citrinum, das Notatin aus Penicillium notatum, Rubratoxine aus Penicillium rubrum und Sporidesmin aus Pithomyces chartarum (frühere Bezeichnung Sporidesmin bakeri). Wichtige Toxinbildner sind ferner Penicillium islandicum, Paecilomyces varioti, Fusarium sporotrichioides und Stachybotrys atra. Die ebenfalls zu den M. zählenden bakteriellen Toxine werden in Endo- und Exotoxine eingeteilt.