Indikatormethoden, biochemische in-vivo-Analysemethoden, bei denen dem Organismus, dem isolierten Organ oder der steril kultivierten Gewebe- oder Zellkultur indizierte (mit einem Index oder einer Markierung versehene) Atome, Atomgruppierungen (funktionelle Gruppen) oder Moleküle zugeführt werden. Die Indizierung (Markierung) ist eine Art Etikettierung, vergleichbar der Färbung einer Kugel in einer Vielzahl ungefärbter Kugeln. Man kann so den Weg, den das indizierte Atom bzw. Molekül im Stoffwechsel nimmt, verfolgen und sein Verhalten mit dem der nichtindizierten Atome bzw. Moleküle der gleichen Art vergleichen. Die wichtigste I. ist die Isotopentechnik, bei der stabile oder radioaktive Nuclide der Bioelemente zur Markierung von Stoffen verwendet werden. Eine I. war z. B. auch die von Dakin und Knoop verwendete Anhängung nicht verwertbarer aromatischer Reste an Fettsäuren, womit sie die β-Oxidation der Fettsäuren als paarigen Abbau erfassen konnten (Fettsäureabbau). Die Verwendung von Isotopen (Nucliden) in der Biochemie überwindet eine prinzipielle Schwierigkeit, der sich der Untersucher gegenübersieht: die exogen zugeführten Verbindungen, z. B. die Nahrungsstoffe, bestehen aus denselben Bausteinen wie die Verbindungen, die dem chemischen Bestand des Organismus angehören. Eine wichtige Rolle für Stoffwechseluntersuchungen, insbesondere für Biosynthese- und Regulationsstudien, spielt die Mutantentechnik. Zunächst griff man auf angeborene Stoffwechselstörungen zurück, z. B. auf die Alkaptonurie oder die Phenylketonurie, heute verwendet man induzierte Mutanten, die bezüglich der Synthese lebensnotwendiger (essenzieller) Metaboliten oder in ihrem Regulationsverhalten defekt sind. Besonders die kombinierte Verbindung von Mutanten- und Isotopentechnik trug sehr wesentlich zu den schnellen Erfolgen der Biochemie und zum exponentiellen Wachstum biochemischer Erkenntnisse bei.