Rekombinasen, Proteine, die Sequenz-spezifische Rekombinationen (SSR), d.h. Umordnungen bestimmter DNA-Abschnitte im Genom, katalysieren. R. tauschen entweder homologe Sequenzen (konservative SSR) oder nicht verwandte Genstücke (Transposition) gegeneinander aus. Sie erkennen jeweils eine bestimmte Sequenz sowohl des zu übertragenden Genstücks als auch im Zielbereich. Die Katalyse verläuft über eine kovalente Zwischenstufe, in der ein spezifischer Aminosäurerest der R. (z.B. Tyrosin im Fall der Tyrosin-Rekombinase) eine Phosphatesterbindung mit der Ziel-DNA-Sequenz ausbildet. R. werden beispielsweise für die Integration von Viren- oder Phagen-DNA in das Wirtsgenom, die Rekombination der Immunglobulingene und der T-Zell-Antigen-Rezeptor-Gene sowie für die DNA-Reparatur (RecA-Protein, Rekombination) benötigt.